در میان شاگردان امام، یکی از مهم‌ترین و مطرح‌ترین آنها، شهید بزرگوار مرتضی مطهری(ره) بود.
از بیانات حضرت امام خامنه ای (مدظله العالی ) در خصوص شهید بزرگوار :
“همان‌طور که ایشان شاگرد خوبی برای امام بودند و قدر امام را واقعاً ایشان می‌دانست و امام را می‌شناخت، امام هم این شاگرد خوب و ممتاز خودش را واقعا می‌شناخت. 63/2/10
“شهید مطهری دو کار مهم را در آن مقطع حساسِ منتهی به انقلاب اسلامی انجام داد:
“اول، پاسخ دادن به نیازهای جامعه‌ی زمانه‌ی خود بر اساس طرح کلی اندیشه‌ی اسلامی. شهید مطهری به عرصه‌ی ذهنیت جامعه نگاه کرد و عمده‌ترین سؤالات ذهنیت جامعه‌ی جوان و تحصیلکرده کشور را بیرون کشید و آنها را با تفکر اسلامی و فلسفه‌ی اسلامی و منطق قرآنی منطبق کرد و پاسخ آنها را در سطوح مختلف در مقابل افراد گذاشت. 4/15/ 83″
“دوم، شهید مطهری، در مقابل نسخه‌های التقاطی از اسلام و یا افکار وارداتی غربی، به تمام معنا ایستاد و تفکر صحیح اسلامی را در جامعه شرح و بسط داد. ایشان با قوّت فکری و اندیشه‌ی قوی و صائب خود وارد میدان‌هایی شد که تا آن‌وقت هیچ‌کس در زمینه‌ی مسائل اسلامی وارد این میدان‌ها نشده بود… ایشان، هم در جبهه‌ی مقابله‌ی با مارکسیست‌ها به یک جهاد بسیار هوشمندانه دست زد، و هم در جبهه‌ی مقابله‌ی با تفکرات غربی و لیبرالیست‌ها وارد میدان شد. 82/12/18
به‌همین دلیل، آثار شهید مطهری"مبنای فکری نظام جمهوری اسلامی ایران است. دیگران به مقدمات این انقلاب خیلی کمک کردند، ولی افکار آنها در ساخت نظام جمهوری اسلامی ایران، نقش آن‌چنانی نداشته است” با این همه اما “ما نمی‌توانیم در شهید مطهری متوقف شویم… ما احتیاج داریم مطهری‌هایی برای دهه‌ی 80 و 90 داشته باشیم؛ چون نیازهای فکری روزبه‌روز و نوبه‌نو وجود دارد. 15/4/ 83”
